洁净室工程设计内部设计和布局应满足食品安全卫生操作要求，避免食品生产中发生交叉污染。洁净室应根据产品特点、生产工艺、生产特性以及生产过程对清洁程度的要求合理划分作业区，并采取有效分离或分隔。洁净室的面积和空间应与生产能力相适应，便于设备安置、清洁消毒、物料存储及人员操作。洁净室设计应根据生产工艺合理布局，预防和降低产品受污染的风险。洁净室内设置的检验室应与生产区域分隔。

洁净厂房设计，按照规范要求，设计一送回风系统。机房设在厂房顶侧(根据实地情况，可采用单元式净化系统的，不用设机房)，各送回风循环风管在技术夹层内与空调机组连接成系统。送回风管道采用优质镀锌钢板，经风阀软连接。镀锌钢板风管现场制作。

食品饮料工业洁净车间成本随清洁要求而不同。几乎没有ISO 3级和4级（1和10级）装置。ISO 5级（100级）洁净室成本是ISO 6级（1,000级）洁净室的两倍。成本随清洁要求的降低而大大减少。只有一小部分食品洁净室利用了ISO 5级（100级）空间。真正经常使用ISO 5级标准的是在诸如填装生产线那样的小区域。因此，根据区域而进行的空间划分对更高级影响很大。