洁净室工程生产设备之选择、布置与保养，要选用发尘性较少的生产设备及相关设备，尤其须注意活动部分之发尘。生产用之水、气体、药品等往往是造成污染的原因，故应配备过滤装置。真空泵等容易产生污染物的这类设备，应设置在无尘室外面或回风区，并加装排气管线排气。生产及相关设备应定期清扫，以避免微尘之堆积。当设备维修时易产生微尘粒子，故维修时尽量于清洁室外进行，并加隔离栅隔离。应有净化车间专用工具组，但不得带出净化车间外使用。

应选择尘埃之影响较小的生产设备或接口设备。规划各设备之配置空间时，事先宜考虑不易积累微尘之结构，规划各并以容易清洁为原则。设置给水管线、气体管线和电气系统时，其构造须考虑到容易清洁，不易积累污染物。应加强注意室内的温湿度控制，水濂柜避免因湿度之不当造成结露生锈。对于施工或维修之厂商，应告知进出净化车间之各项规定，且负责工程师应随侍在侧监工。规划空间时若能临近净化车间设立一间维修和设备保养手册置放室，将是一理想之规划。