实验室净化工程整个项目施工期间，只有确保了每个施工环节质量，才能够确保整个施工项目的质量水平。但在施工期间，或多或少会遭遇各种事故，为此，结合各阶段的特点，加强实验室净化施工质量的控制至关重要。

质量监督管理应当由施工队伍、项目部、质检人员以及监理人员等来共同负责。针对实验室净化施工队伍其主要负责保证施工人员均能够按照要求进行施工处理；针对项目部则主要是对各个施工小组的施工情况进行检查，同时按照要求实施抽样检测；针对质检人员主要对不负责任的施工人员必须做好相应的返工和批评教育，同时根据实际情况给予相应的处罚，情况严重者还必须进行开除，同时合理调整质检制度；针对实验室净化监理人员则主要对现场施工管理人员以及施工队伍的情况进行检查，及时对存在的质量问题做出相应的处理。

各个系统均必须根据相关要求，在确认合格之后，才能够允许进入到下一个阶段的施工阶段，为此，每个系统均需要完成相应阶段，并且需要对其做出相应的技术指标测试。各个系统在全面施工处理之后，必须加强抽样检测，针对部分长度相对较长、弯曲较多或者相对较为典型的系统做出相应的组合处理。现场施工管理人员来负责进行抽样检测，并做好相应的资料存档，通常情况下，抽测率必须达到5%以上，若在实验室净化开设初期还必须将抽测率提升到10%以上。