洁净室工程在方案设计的基础上进一步进行具体实施方案的初步设计，是进行施工图设计的主要依据。其内容主要包括;设计依据、设计构思、总平面图、主要建筑工程项目的方案设计、主要材料用量、工艺设计、主要设备造型、三废处理、生活组织与劳动定员、有关技术经济指标、抗震人防、建设顺序与期限及总概算等。

实验室必须提供充分考虑之后的比较成熟的功能要求，比较忌讳的是边设计边修改，尤其是设计实验室功能的变化。因为从实验室工作人员的角度，许多改动仅是一个房间的变动，或者一个水龙头位置的变化，而对设计者来说，有可能设计多个专业、上百张图纸的变化，在施工方来讲有可能使管线从新铺设、墙壁拆除等等，会直接带来人工、时间、材料等各方面的损失，因此实验室的功能规划布局一定要慎重。

根据洁净室工程的任务及基本要求，在前期准备工作的基础上进行建筑方案设计，一般要求设计方案满足实验室的功能，在外观上要求有美感，符合城市建设规划。设计方案经过专家论证、审核、比较，提出一个实施方案或兼顾几个方案的优点进一步做出修改而获得较为满意的设计方案。