洁净室工程在实际运营中保证清洁度，需要采取一系列综合措施，以下是一些关键步骤：

设计和建设阶段：洁净室的设计和建设要符合相关标准和规范，包括空气净化、温湿度控制、气流组织等方面。在选材方面，要使用不易积尘、易清洁的材料，同时保证密封性良好，防止外部污染物的进入。

人员管理：洁净室内的人员是潜在的污染源，因此需要对人员进行严格的管理和培训。进入洁净室前，人员需要穿戴专门的洁净服和洁净鞋，同时需要经过风淋室的吹淋，以减少身上的尘埃和微生物。在洁净室内，人员需要遵守相关规定，如避免剧烈运动、不吸烟、不饮食等，以减少对洁净度的影响。

设备管理：洁净室内的设备也需要进行定期清洁和维护，以保证其正常运行和减少对洁净度的影响。对于设备表面的尘埃和污渍，要定期进行擦拭和清洗。同时，设备的运行和维护也需要符合相关标准和规范，以避免产生新的污染源。

环境监测：定期对洁净室内的空气洁净度、温湿度、气流速度等参数进行监测和记录，以评估洁净室的运行状况。如果发现异常情况，需要及时采取措施进行调整和改进。

应急预案：为了应对可能出现的突发事件，如设备故障、外部污染等，需要制定应急预案。预案应包括应对措施、人员分工、联系方式等内容，以确保在紧急情况下能够迅速、有效地应对。